Covid-19, le mystère de ses origines s’épaissit

Alors que l’épidémie de Covid-19 est présente sur tous les continents, les scientifiques cherchent encore l’espèce à l’origine de la transmission humaine du coronavirus Sars-CoV-2.

Le 3 mars 2020, l’épidémiede Covid-19 a franchi la barre des 90.000 infectés dans le monde. Alors que le nombre de nouveaux cas quotidiens n’a jamais été aussi bas en Chine, le berceau de l’épidémie, les autres pays voient la maladie se propager comme une traînée de poudre. Face à cette nouvelle maladie, qui n’épargne désormais plus aucun continent habité, les scientifiques sont à pied d’œuvre pour comprendre le coronavirus Sars-CoV-2, l’agent étiologique du Covid-19. Et la question de son origine est loin d’être résolue.

le 04/03/2020

Chauves-souris, serpents, pangolins, plusieurs espèces animales transitant par le marché de Wuhan point de départ de l’épidémie, ont été mises en cause, comme réservoir naturel ou hôte intermédiaire du coronavirus, par les chercheurs.

Mais chaque publication déposée sur Biorvix s’est accompagnée d’une suivante la remettant en cause. Pour rappel, le site Biorvix est un site de prépublication, les travaux référencés n’ont pas suivi le chemin de publication scientifique classique, à savoir une relecture par les pairs où des erreurs de méthodologie ou d’interprétation sont soulevées et ensuite révisées par les auteurs. Un processus long mais qui renforce la valeur des résultats publiés. En revanche, la prépublication, bien qu’ayant ses limites, est fort utile pour communiquer des résultats scientifiques rapidement lors d’une situation qui évolue aussi vite qu’une épidémie.

Un biologiste à l’Institut Pasteur, le 28 janvier 2020 à Paris.
Thomas Samson, AFP, Archives  

L’hôte intermédiaire du coronavirus SARS-CoV-2 en question

Début février, des chercheurs chinois affirmaient que le Sars-CoV-2 et un coronavirus isolé du pangolin partageaient 99 % de leur génome. Une erreur de communication puisque leur étude, publiée le 20 février sur Biorvix, révèle qu’il ne s’agit en réalité que du « receptor-binding domain» (domaine de liaison au récepteur) de la protéine de surface S et qui ne présente qu’un acide aminé de différence avec le domaine de la protéine S du coronavirus Sars-CoV-2. On est donc loin d’un match génétique de 99 % entre les deux virus.

Deux autres études, publiées le même jour, suggèrent que le virus responsable du Covid-19 partage, pour l’une, 90,23 % et, pour l’autre, 91,02 % de son génome avec les souches isolées des pangolins testées. Cette similarité n’est pas suffisante pour faire du pangolin un hôte du virus.

Dans le cas de l’épidémie de Sars de 2002-2003, le Sars-CoV partageait 99,8 % de son génome avec un coronavirus isolé des civettes, faisant de ce petit mammifère féliforme l’hôte intermédiaire du virus et le lien entre son réservoir naturel et l’Homme.

Un coronavirus isolé de la chauve-souris, ici l’espèce Rhinolophus sinicus, est le plus proche génétiquement de Sars-CoV-2, l’agent étiologique du Covid-19. 
Guangdong Entomological Institute  

La chauve-souris, une piste sérieuse dans l’émergence de l’épidémie

Les chauves-souris sont toujours considérées comme la source la plus probable du Sars-CoV-2. Un coronavirus isolé du mammifère volant est le plus proche génétiquement du virus circulant entre humains, 96 % du matériel génétique est commun. Le virus a-t-il pu passer de la chauve-souris à l’Homme sans hôte intermédiaire ?

Les différences entre les fameux « receptor-binding domain » des deux virus suggèrent que le coronavirus de chauve-souris n’a pas pu infecter l’Homme sans hôte intermédiaire, selon les chercheurs.

Mais qui est cet hôte intermédiaire qui échappe aux scientifiques ? Les publications parues sur le sujet soulèvent plus de questions qu’elles n’en résolvent. L’enquête promet encore d’être longue.

Analyse phylogénétique des génomes du 2019-nCoV et de ceux de virus représentatifs du genre Betacoronavirus. The Lancet_

Le pangolin est soupçonné d’être le chaînon manquant

Article publié le 7 février 2020 par Futura avec l’AFP-Relaxnews

Le pangolin est l’espèce la plus braconnée au monde, loin devant les éléphants ou les rhinocéros. Victime d’un trafic illégal, ce petit mammifère, menacé d’extinction, est très prisé pour sa chair, ses écailles, ses os et ses organes dans la médecine traditionnelle asiatique. Il pourrait être l’animal qui aurait transmis le virus, c’est ce qu’avancent des chercheurs chinois tandis que d’autres appellent à la prudence. 

Le pangolin, petit mammifère à écailles menacé d’extinction, est-il l’animal qui a transmis le nouveau coronavirus à l’homme ? Des chercheurs chinois ont avancé cette hypothèse vendredi, mais d’autres scientifiques appellent à la prudence en attendant une confirmation définitive.

L’animal, qui héberge un virus sans être malade et peut le transmettre à d’autres espèces, est appelé « réservoir ». Dans le cas du nouveau coronavirus, il s’agit certainement de la chauve-souris : selon une récente étude, les génomes de ce virus et de ceux qui circulent chez cet animal sont identiques à 96 %. Mais le virus de chauve-souris n’étant pas équipé pour se fixer sur les récepteurs humains, il est sans doute passé par une autre espèce pour s’adapter à l’homme.

 Le pangolin pourrait être un « possible hôte intermédiaire ».
Sabrina Blanchard, AFP

Le pangolin est-il le chaînon manquant ? 

L’identité de cet animal intermédiaire fait l’objet de nombreuses interrogations depuis le début de l’épidémie. L’hypothèse du serpent, un temps avancée, avait vite été balayée. Vendredi, l’Université d’agriculturedu sud de la Chine a jugé que le pangolin pourrait être « un possible hôte intermédiaire», sans toutefois donner beaucoup de précisions. On sait seulement que les analyses génétiques de virus prélevé sur les pangolinset les Hommes étaient à 99 % identiques, selon l’agence étatique Chine nouvelle. Ces éléments ne sont « pas suffisants pour conclure, a tempéré un scientifique britannique, le Pr James Wood. Les preuves de l’implication du pangolin n’ont pas été publiées dans une revue scientifique», critère indispensable pour accréditer cette hypothèse, a-t-il commenté.

« Il faudrait voir l’ensemble des données génétiques pour connaître le degré de proximité entre les virus du pangolin et de l’Homme», a renchéri un autre scientifique britannique, le Pr Jonathan Ball. Le nouveau virus a fait son apparition en décembre dans un marché de Wuhan(centre de la Chine). Malgré son nom de Marché de fruits de mer, de nombreux autres animaux, dont des mammifères sauvages, y étaient vendus pour être mangés. On ne sait pas si le pangolin en faisait partie. Lors de l’épidémie de Sras(2002-2003), également causée par un coronavirus, l’intermédiaire était la civette, petit mammifère dont la viande est appréciée en Chine.

Pour en savoir plus

L’AUTRE VERSION (?)

Le codage génomique du Coronavirus n’est pas naturel.

https://www.facebook.com/groups/europe.chemtrails/permalink/753295315194218/

https://www.facebook.com/groups/europe.chemtrails/permalink/746906669166416/

https://www.facebook.com/163898057415229/videos/2732815283498339/